Comenzó sus andadas en el fútbol en un club de Jerez de la Frontera, la Pueblo Nuevo. Aunque comenzó a jugar como portero, pronto cambiaría su demarcación por la de delantero.
Pasó con trece años a militar en las categorías inferiores del Cádiz Club de Fútbol, hasta la temporada 90-91 en la que debuta con el primer equipo. Este debut en la Primera división de la liga española de fútbol tiene lugar el 14 de abril de 1991 en el partido Cádiz - Athletic, con un resultado final de 2-3.
Durante las dos temporadas siguientes contribuye decisivamente a mantener al equipo en la primera categoría. Un buen ejemplo es el partido de la última jornada de la temporada 1990-91 en el que el Cádiz se jugaba la permanencia contra el Real Zaragoza. Kiko entró en el minuto 65, con su equipo perdiendo por un gol, y le dio la vuelta al partido. En el 81 provocó un penalty que fue transformado por Dertycia, empatando así el encuentro. Dos minutos después, Kiko anotó el 2-1 con el que el Cádiz salía de los puestos de descenso.
Kiko ha sido, posiblemente, el último gran jugador que ha pasado por la "Tacita de Plata". Su recuerdo entre los seguidores cadistas es muy grato y se siguen rememorando apodos como "Kikogol" o "Kiko van Basten" con los que la afición le rebautizó.
En el verano de 1993 ficha por el Atlético de Madrid. Sus dos primeras temporadas no son tan buenas como cabría esperar, posiblemente a causa de la inestabilidad constante en la que vivía el club (hasta nueve entrenadores distintos pasaron por el banquillo rojiblanco en dos temporadas). Anota 5 goles en la primera y 9 en la segunda, pero apenas deja muestras de la calidad exhibida en Cádiz.
La llegada de Radomir Antic al banquillo en la temporada 95-96 termina con los rumores que situaban a Kiko lejos del Calderón. El entrenador serbio confía en el jerezano, que se convierte en parte fundamental del equipo que consigue "El Doblete", es decir, que gana la Liga y la Copa del Rey en esa misma campaña . Kiko termina con 11 goles y forma junto a Luboslav Penev (16 goles) una de las mejores parejas de delanteros del momento. Algunos otros integrantes de ese equipo eran Diego Pablo Simeone, Milinko Pantic, José Luis Pérez Caminero o José Francisco Molina.
La siguiente temporada, aunque menos exitosa en cuanto a títulos, es una de las mejores de Kiko como futbolista. En la temporada 96-97 el equipo solo llega al quinto puesto, pero Kiko con 36 partidos jugados y 13 goles bate su propio record de anotación. Además debuta en la Champions League, competición en la que juega 7 partidos y anota 2 goles antes de que el Atleti sea eliminado en cuartos por el Ajax de Amsterdam.
Kiko sigue jugando en el Atlético de Madrid hasta completar ocho temporadas, jugando la última de ellas en Segunda División tras el descenso de la temporada 99-00. Tras dos meses de iniciar el año, con el Atlético en puestos de descenso a 2ªB, viajó a Milán para fichar por el AC, pero su tobillo maltrecho frustró su fichaje por el equipo rossoneri. Esto le granjeó mala fama en un sector de la afición colchonera. Se hizo muy popular "El Arquero", peculiar postura con la que celebró alguno de sus goles. Algunos jugadores como Fernando Torres o Daniel Güiza siguen celebrando sus tantos de esta manera a modo de homenaje.
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